La présence des franciscains à Madère est étroitement liée à la découverte et à la colonisation de l'île depuis 1419/20, par João Gonçalves Zarco.
Les chroniqueurs soulignent que les premières caravelles qui ont débarqué à Madère sont venues avec deux franciscains, qui ont aspergé l'air et la terre et ont célébré la première messe à Machico, le 2 juillet 1420.
Au départ, ils n'avaient pas de résidence stable.
La fondation du premier couvent remonte à 1440, à São João da Ribeira, à la périphérie de la ville de Funchal.